RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用:RNA-Seq即對(duì)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序和分析。一般來(lái)說(shuō)在研究所會(huì)委托公司測(cè)序得到數(shù)據(jù)自己進(jìn)行后續(xù)的生信分析(質(zhì)控,mapping,差異基因表達(dá)分析,SNV分析等)。RNA-Seq有著巨大的應(yīng)用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種,不同組織:研究基因在不同部分的表達(dá)情況。同一物種,同一組織:研究基因在不同處理下,不同條件下的表達(dá)變化。同一組織,不同物種:研究基因的進(jìn)化關(guān)系。時(shí)間序列實(shí)驗(yàn):基因在不同時(shí)期的表達(dá)情況與發(fā)育的關(guān)系。基因分類:找到細(xì)胞特異,疾病相關(guān),處理相關(guān)的基因表達(dá)模式,用于診斷疾病和預(yù)測(cè)等?;蚓W(wǎng)絡(luò)和通路:基因在細(xì)胞活動(dòng)中的功能,基因間的相互作用。轉(zhuǎn)錄組學(xué)能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。全轉(zhuǎn)錄學(xué)組檢測(cè)多少錢(qián)
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù):?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組目前主要有三種方法:SMART擴(kuò)增技術(shù)、10×genomics技術(shù)及Andeplete技術(shù)。SMART擴(kuò)增技術(shù)比較關(guān)鍵的技術(shù),就是設(shè)計(jì)了2個(gè)特殊的引物。再配合用MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄。特殊引物1由中間PolyT序列加上一段通用序列及3’末端兩個(gè)簡(jiǎn)并堿基構(gòu)成,但在PolyT的3’端倒數(shù)第二個(gè)堿基是A、C、G而非T的簡(jiǎn)并堿基,而倒數(shù)第1個(gè)為簡(jiǎn)并堿基,這樣做的好處是讓它正好結(jié)合在mRNA的3’端連到Poly(A)尾巴的這個(gè)連接處,而不會(huì)結(jié)合到mRNA的別的地方。這樣就保證了逆轉(zhuǎn)錄的起始位置正好是mRNA的3’端的序列終止位置。MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶,這個(gè)酶有個(gè)特點(diǎn),就是它在轉(zhuǎn)錄到mRNA的5’端末端的時(shí)侯,會(huì)在新合成的cDNA的3’末端,多加出幾個(gè)C堿基來(lái)。北京高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究?jī)?nèi)容轉(zhuǎn)錄組學(xué)檢測(cè)范圍廣,高于6個(gè)數(shù)量級(jí)的動(dòng)態(tài)檢測(cè)范圍。
宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組概念:宏轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是對(duì)某一特定時(shí)期、特定環(huán)境樣品中的全部微生物的RNA進(jìn)行高通量測(cè)序,直接獲得該環(huán)境中所有微生物轉(zhuǎn)錄組信息的一種測(cè)序技術(shù)的新應(yīng)用。宏轉(zhuǎn)錄組中不只包含有微生物的物種信息,還有微生物的基因表達(dá)信息。如果說(shuō)宏基因組能告訴我們微生物群,那么宏轉(zhuǎn)錄組則能告訴我們這些微生物,這有助于挖掘微生物功能基因和探索微生物與環(huán)境、疾病、動(dòng)植物等關(guān)系的機(jī)制。宏轉(zhuǎn)錄組分析:從以G為單位的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)中獲取研究所需的微生物種類、基因、通路等信息是進(jìn)行宏轉(zhuǎn)錄組研究必須經(jīng)歷的一步?,F(xiàn)在網(wǎng)絡(luò)上分析組學(xué)數(shù)據(jù)的工具五花八門(mén)。能否從眾多組學(xué)工具中選擇出適合分析宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的軟件,能否搭建一套完整、快速、高效、靈敏、高精確的宏轉(zhuǎn)錄組分析pipline,直接關(guān)乎到后期數(shù)據(jù)分析的進(jìn)行。
宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)也稱為環(huán)境轉(zhuǎn)錄組學(xué),指從整體水平上研究某一特定環(huán)境、特定時(shí)期菌群群體全部基因轉(zhuǎn)錄情況以及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律,以揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應(yīng)機(jī)制,探索環(huán)境與微生物之間的相互作用機(jī)理。其適用范圍包括人體微生態(tài)、環(huán)境、工業(yè)、農(nóng)業(yè)等領(lǐng)域。宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)以生態(tài)環(huán)境中的全部RNA為研究對(duì)象,避開(kāi)了微生物分離培養(yǎng)困難的問(wèn)題,能有效的擴(kuò)展微生物資源的利用空間。應(yīng)用領(lǐng)域:包括腸道微生物、口腔微生物、糞便微生物、人體組織微生物。普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要適用于不同的生長(zhǎng)階段或者發(fā)育過(guò)程。
單細(xì)胞RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)工作流程:?jiǎn)渭?xì)胞RNA測(cè)序等高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)通常從針對(duì)不同瘤和組織類型(解離、分選和分離細(xì)胞等)量身定制的實(shí)驗(yàn)工作流程開(kāi)始,然后產(chǎn)生可以比對(duì)的序列,量化、質(zhì)量控制(QC)過(guò)濾和以不同方式標(biāo)準(zhǔn)化,以實(shí)現(xiàn)許多下游計(jì)算分析,例如聚類分析以識(shí)別轉(zhuǎn)錄不同的細(xì)胞類型和亞群,等位基因分析以識(shí)別單核苷酸變異(SNV,用星號(hào)表示)或拷貝數(shù)變體(CNV)、軌跡分析、剪接檢測(cè)或瘤的微環(huán)境(TME)相互作用的推斷中。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的分析通常因精心設(shè)計(jì)的研究設(shè)計(jì)而變得復(fù)雜,這些設(shè)計(jì)可能包括來(lái)自患病和未患病個(gè)體的樣本、在不同時(shí)間點(diǎn)(例如,診療前和診療后)收集的同一個(gè)人的多個(gè)樣本,或來(lái)自表現(xiàn)出不同疾病狀態(tài)的不同個(gè)體的多個(gè)樣本。這樣的研究設(shè)計(jì)可以發(fā)現(xiàn)患者共享的轉(zhuǎn)錄特征,這些特征可能定義疾病中常見(jiàn)的干擾分子途徑。轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。廣東外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法
轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于表達(dá)差異的研究。全轉(zhuǎn)錄學(xué)組檢測(cè)多少錢(qián)
轉(zhuǎn)錄組分析是目前應(yīng)用比較廣的高通量測(cè)序分析技術(shù)之一。常見(jiàn)設(shè)計(jì)是不同樣品之間比較,尋找差異基因、標(biāo)志基因、協(xié)同變化基因、差異剪接和新轉(zhuǎn)錄本,并進(jìn)行結(jié)果可視化、功能注釋和網(wǎng)絡(luò)分析等。轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序分析也相對(duì)成熟,從RNA提取、構(gòu)建文庫(kù)、上機(jī)測(cè)序再到結(jié)果解析既可以自己完成,又可以在專業(yè)公司進(jìn)行。概括來(lái)看轉(zhuǎn)錄組的分析流程比較簡(jiǎn)單,序列比對(duì)-轉(zhuǎn)錄本拼接(可選)-表達(dá)定量-差異基因-功能富集-定制分析。整個(gè)環(huán)節(jié)清晰流暢,可以作為剛開(kāi)始接觸高通量測(cè)序?qū)W習(xí)比較合適的技術(shù)之一。全轉(zhuǎn)錄學(xué)組檢測(cè)多少錢(qián)
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