您的珍貴樣本,可以放心依賴烈冰生物BDRhapsody單細胞捕獲系統(tǒng),首先,該系統(tǒng)的技術原理是基于cyto-seq的微孔技術,因此不會因為樣本細胞體積太大或懸液背景太雜等問題導致捕獲通道的堵塞進而導致樣本的損失;其次,BDRhapsodyTM單細胞捕獲系統(tǒng)無電子元件,便于攜帶,當您的樣本需及時實驗時,我們可以“拎包上門”,快速的完成細胞捕獲部分,不至于珍貴樣本因細胞活性快速下降帶來的損失;在這,BDRhapsody單細胞捕獲系統(tǒng)對細胞數(shù)量包容性較好,細胞懸液上樣量高達575ul,針對樣本中細胞數(shù)量較少的組織類型,也能完成整個項目的細胞捕獲工作。單細胞測序平臺,烈冰提供高性價比服務方案。陜西BD VDJ單細胞轉錄組測序
BDRhapsody單細胞轉錄組測序是利用單細胞水平上的高通量測序分析基因表達譜的技術,突破傳統(tǒng)高通量測序的局限性,針對多種組織類型的樣本,采用BD細胞懸液制備protocol組織解離后,單個樣本一次上機能捕獲500-10000個細胞,基于每個細胞分別建庫測序,獲得單個細胞的基因結構和基因表達狀態(tài),并鑒定細胞的類型,可以在不同樣本間從細胞類型的組成和豐度角度進行比較,反映細胞間的異質(zhì)性,提供足夠靈活的定制測定法以滿足多種實驗需要,并有效縮短實驗是時間和降低測序成本。重慶BD VDJ單細胞多組學測序2019年,烈冰已助力發(fā)表了采用BD Rahpsody平臺的單細胞風濕類文章。
烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深度解讀數(shù)據(jù)分析結果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!此外,烈冰生信團隊根據(jù)豐富的實戰(zhàn)經(jīng)驗為用戶量身打造了一款單細胞測序結果解讀的神兵利器——單細胞瀏覽器(SingleCellBrowser),不但可以將海量復雜的結果文件可視化,還是可以實現(xiàn)三維立體化展示的軟件。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰,專業(yè)的生物學意義交給專業(yè)的您,詳情請咨詢烈冰生物。
多樣本數(shù)據(jù)合并:FractionofReadsKept:合并樣本時,各樣本根據(jù)MappedBarcodedReadsperCell數(shù)量計算出來的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大,需要進行Downsample處理,以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準將不同樣本中細胞測序深度標化到同一水平,從而避免因測序深度差異導致的基因檢測數(shù)量、基因表達水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深度解讀數(shù)據(jù)分析結果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!強勢發(fā)文!烈冰BD單細胞測序平臺助力揭示愈傷組織能再生的機制。
什么時候要用到去死細胞的操作呢?跟進烈冰生物多年單細胞測序服務經(jīng)驗來看,當細胞懸液進行質(zhì)量和活性檢測后,考慮對細胞活性在50%-70%的懸液進行去除死細胞的操作。而太低活性的懸液(小于30%),懸液中細胞大量死亡,可能已經(jīng)丟失了原組織內(nèi)的細胞比例和狀態(tài),失真嚴重,建議重新收集樣本進行新的實驗,保證數(shù)據(jù)的高質(zhì)量和實驗結果的準確性。但需要注意到,去除死細胞的操作會損失一定的細胞數(shù)量,因此希望您在提供樣本時,盡可能提供足量的細胞,以備實驗過程中可能存在的細胞死亡的問題,BDRhapsody單細胞捕獲平臺對樣本起始細胞量的要求較低,一般提供10萬個細胞以上均可滿足需求,特殊樣本可詳細咨詢烈冰生物。單細胞測序技術的迅速發(fā)展和應用推廣,為從多維度揭示疾病發(fā)展提供了強有力的工具。BD Rhapsody單細胞測序
此外,烈冰開展了單細胞轉錄組、單細胞多組學以及空間轉錄組等多種產(chǎn)品在內(nèi)的全套科研解決方案,歡迎垂詢。陜西BD VDJ單細胞轉錄組測序
根據(jù)烈冰多年單細胞測序服務經(jīng)驗,為什么不建議您一味的追求高細胞數(shù)量的捕獲:單細胞測序所有的分析都是基于細胞聚類進行,而細胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,獲得細胞基因表達譜,通過降維(pca),無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進行細胞聚類時需要考慮到每個細胞的基因表達模式,因此即使是相同的數(shù)據(jù),在剔除幾個細胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同。而當細胞捕獲數(shù)過多時,無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細胞數(shù)據(jù),都會對正常細胞聚類產(chǎn)生影響,造成聚類結果失真。這也是很多文章,特別是很多高分文章,為什么單個樣本捕獲細胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細胞數(shù)在3000-5000個時,數(shù)據(jù)量在100G左右時,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。陜西BD VDJ單細胞轉錄組測序
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