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應用空間轉錄組使用

來源: 發(fā)布時間:2021-11-14

什么是空間轉錄組?空間轉錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據的技術,從而解析單個組織切片中的所有mRNA??臻g條形碼逆轉錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著,使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。單細胞RNA測序或組織樣本RNA測序,均無法為研究人員提供精確的空間信息。通過空間轉錄組技術可獲取組織中具體的位置的轉錄信息,為研究和診斷提供有效數(shù)據支撐。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執(zhí)行經驗,致力通過質量的服務,助力各位科研工作者取得新的突破。空間轉錄組測序結果為未來人類心臟發(fā)育的研究提供重要的借鑒意義。應用空間轉錄組使用

早期空間轉錄組學的另一條發(fā)展路線是基因捕獲和增強子捕獲篩選,開發(fā)于二十世紀八十年代,當時 DNA 測序通量正在增加,動物基因組是新開放的前沿領域。果蠅和小鼠的篩選是在八十年代后期進行的,目的是觀察未靶向且通常未知的基因表達情況。隨著通量的增加,增強子和基因捕獲技術在九十年代成為空間轉錄組學的技術,直到 WMISH 在九十年代后期興起。WMISH 技術的自動化程度較高,避免了對轉基因品系的依賴,同時由于在二十一世紀初獲得物種的參考基因組信息變得越來越便利,探針設計因此也更為方便。江蘇歐易生物空間轉錄組如何通過“HE染色”判斷空間轉錄組項目樣本是否為“好的樣本”呢?

空間轉錄組技術原理是什么?當組織冷凍切片附在空間轉錄組載片上時,條形碼引物結合并從組織中捕獲鄰近的mRNA。被捕獲的mRNA開始逆轉錄,得到的cDNA中包含了空間條形碼。分析Illumina測序結果中空間條形碼的序列,可以將每個mRNA轉錄的序列映射回組織切片中的起始位置??臻g轉錄組的條形碼逆轉錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著,空間轉錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執(zhí)行經驗,致力通過質量的服務,助力各位科研工作者取得新的突破。

空間轉錄組技術作為當今前沿的科研技術,相信很多老師都希望將其運用于自己的課題中,快速發(fā)表高分文章。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執(zhí)行經驗,致力通過質量的服務,助力各位科研工作者取得新的突破。由上海歐易生物醫(yī)學科技有限公司(以下簡稱“歐易生物”)主辦的“空間轉錄組學培訓班”落下帷幕。培訓中,歐易講師團隊以其豐富的項目經驗及專業(yè)的生信能力,從空間轉錄組學的發(fā)展歷程、測序原理、實驗實操及數(shù)據挖掘等多維度,向遠道而來的學員們展開了系統(tǒng)性的培訓。


空間轉錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失。

1. 空間轉錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據的技術,從而解析單個組織切片中的所有mRNA??臻g轉錄組的條形碼逆轉錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著,空間轉錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。單細胞RNA測序或組織樣本RNA測序,均無法為研究人員提供精確的空間信息。通過空間轉錄組技術可獲取組織中具體的位置的轉錄信息,為研究和診斷提供有效數(shù)據支撐。10x Genomics空間轉錄組技術可以應用于免疫、發(fā)育、神經和病理等研究方向。過真實研究案例聚焦包括單細胞轉錄組、單細胞基因組、單細胞代謝組、空間轉錄組。江蘇空間轉錄組價格

空間轉錄組是一項前沿技術,涉及到很多細節(jié)方面的準備工作。應用空間轉錄組使用

空間轉錄組技術包含兩種芯片,分別為組織優(yōu)化芯片(Tissue Optimization)和基因表達芯片(Library Preparation)。組織優(yōu)化芯片用來摸索組織透化的比較好時間,基因表達芯片用來進行正式樣本的空間轉錄組實驗。其中基因表達芯片上有 4 個捕獲區(qū)域,每個區(qū)域大小為 6.5mm×6.5mm,每個捕獲區(qū)域中有 5000 個帶有特異地址序列的探針簇,稱為 barcoded spots,每個 spot 直徑為 55um,包含數(shù)百萬個用于捕獲的 oligo 探針序列,相鄰兩個 spot 的中心距離為 100um。探針序列的結構為:測序引物結合序列,16nt 的位置序列,12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列。應用空間轉錄組使用

上海歐易生物醫(yī)學科技有限公司發(fā)展規(guī)模團隊不斷壯大,現(xiàn)有一支專業(yè)技術團隊,各種專業(yè)設備齊全。專業(yè)的團隊大多數(shù)員工都有多年工作經驗,熟悉行業(yè)專業(yè)知識技能,致力于發(fā)展歐易生物的品牌。公司堅持以客戶為中心、檢驗檢測服務。(依法須經批準的項目,經相關部門批準后方可開展經營活動,具體經營項目以相關部門批準文件或許可證件為準)一般項目:生物醫(yī)藥產品、生化產品的研發(fā),醫(yī)藥中間體、化工原料及產品(除危險品化學品、監(jiān)控化學品、易制毒化學品)的研發(fā)、銷售,儀器儀表的銷售,并提供相關技術咨詢、技術服務,會務服務,企業(yè)管理咨詢。市場為導向,重信譽,保質量,想客戶之所想,急用戶之所急,全力以赴滿足客戶的一切需要。上海歐易生物醫(yī)學科技有限公司主營業(yè)務涵蓋科研服務,科研檢測,學術研究,技術咨詢,堅持“質量保證、良好服務、顧客滿意”的質量方針,贏得廣大客戶的支持和信賴。