脫靶來(lái)自于這些技術(shù)所攜帶的功能基團(tuán),如堿基編輯的脫氨酶和先導(dǎo)編輯的逆轉(zhuǎn)錄酶,不依賴(lài)sgRNA結(jié)合基因組DNA的情況下產(chǎn)生的脫靶。為檢測(cè)第二類(lèi)脫靶現(xiàn)象,研究者需要針對(duì)每種技術(shù)設(shè)計(jì)專(zhuān)門(mén)的檢測(cè)方法。1) R-loop seq在堿基編輯開(kāi)發(fā)早期,雖然靶位點(diǎn)的編輯效率很高,但研究者也很快發(fā)現(xiàn)脫氨酶會(huì)在游離的時(shí)候隨機(jī)修飾暴露的DNA單鏈,導(dǎo)致大量的脫靶位點(diǎn)。為降低這類(lèi)脫靶現(xiàn)象的發(fā)生,研究者設(shè)計(jì)了R-loop seq,以dSaCas9結(jié)合DNA形成R-loop,暴露出DNA單鏈,為堿基編輯的脫氨酶提供一個(gè)固定的脫靶位點(diǎn),然后以該位點(diǎn)的編輯效率反映堿基編輯脫氨酶的脫靶程度。脫靶切割位點(diǎn)已在基因編輯技術(shù),CRI...
長(zhǎng)期表達(dá)。與其他產(chǎn)品相比,部分基因zhiliao產(chǎn)品的明顯特征是可以在患者靶細(xì)胞或基因修飾細(xì)胞中持續(xù)存在并編碼表達(dá)作用因子(功能性蛋白或基因表達(dá)調(diào)節(jié)元件),并通過(guò)長(zhǎng)久或長(zhǎng)期改變靶細(xì)胞或組織的功能來(lái)達(dá)到zhiliao效果。同時(shí),由于基因zhiliao編碼的作用因子在體內(nèi)的長(zhǎng)期暴露或表達(dá)異常,可能產(chǎn)生與其功能相關(guān)的長(zhǎng)期安全性風(fēng)險(xiǎn),如細(xì)胞生長(zhǎng)失控和惡性liu形成、自身免疫反應(yīng)或其他無(wú)法預(yù)測(cè)的遲發(fā)性不良反應(yīng)。潛伏再jihuo。部分病毒類(lèi)基因zhiliao產(chǎn)品可能存在從潛伏期被再jihuo的可能性或者引起機(jī)體中已有病毒ganran的再jihuo,存在ganran相關(guān)的遲發(fā)性不良反應(yīng)的風(fēng)險(xiǎn)。脫靶檢測(cè)安全性...
但是由于CHIP-seq實(shí)驗(yàn)本身的難度較高,DISCOVER-seq這類(lèi)方法的接受度并不高。3. 其他特殊方法CRISPR技術(shù)經(jīng)過(guò)這么多年的發(fā)展,其應(yīng)用已經(jīng)不局限于造成DNA雙鏈斷裂,一些不要切割DNA雙鏈的CRISPR衍生技術(shù)(如堿基編輯、先導(dǎo)編輯和CRISPRi/a),可以在不引發(fā)隨機(jī)突變的情況下,對(duì)基因組進(jìn)行精細(xì)編輯或者調(diào)控。這些技術(shù)所使用nCas9或dCas9只結(jié)合或者切割雙鏈中的一條鏈,之前的脫靶檢測(cè)方法都不能直接適用。這些CRISPR衍生技術(shù)中,CRISPR產(chǎn)生的脫靶可以被細(xì)分為兩個(gè)部分,其一是Cas9/sgRNA結(jié)合DNA導(dǎo)致的脫靶,這部分信息使用同樣序列的sgRNA進(jìn)行野生型C...
目前鼓潤(rùn)已掌握了該項(xiàng)技術(shù),簡(jiǎn)述如下:1、CRISPR與dsODNtag整合的實(shí)驗(yàn)技術(shù)及高通量測(cè)序建庫(kù)流程將靶向于目標(biāo)基因組位點(diǎn)的CRISPR質(zhì)粒與dsODNtag以核電轉(zhuǎn)的方式同時(shí)轉(zhuǎn)染入真核細(xì)胞,CRISPR造成基因組雙鏈斷裂后,dsODNtag將整合入斷點(diǎn)處,作為后續(xù)分析在靶與脫靶情況的標(biāo)記。轉(zhuǎn)染后3天收集細(xì)胞的DNA進(jìn)行高通量建庫(kù)。2、GUIDE-seq生信分析方法1)搭建了高通量測(cè)序的數(shù)據(jù)分析流程。2)利用該技術(shù)分析了CRISPR靶向編輯某細(xì)胞系基因的在靶與脫靶情況。其中一例樣品的分析結(jié)果如圖4所示:Sequencesofoff-targetsitesidentifiedbyGUIDE-...
長(zhǎng)期隨訪的觀察時(shí)間長(zhǎng)期隨訪的持續(xù)時(shí)間應(yīng)確保足以觀察到受試者因產(chǎn)品特性、暴露情況(生物分布和給藥途徑)等導(dǎo)致的風(fēng)險(xiǎn),應(yīng)不短于遲發(fā)性不良反應(yīng)的預(yù)期發(fā)生時(shí)間。一般而言,針對(duì)不同類(lèi)型的基因zhiliao產(chǎn)品建議如下:?具有基因組整合活性的載體(例如γ-逆轉(zhuǎn)錄病毒和慢病毒載體)和轉(zhuǎn)座子元件建議觀察不短于15年。?可以產(chǎn)生持續(xù)ganran、或有潛伏再jihuo風(fēng)險(xiǎn)的細(xì)菌或病毒載體(如單純皰疹病毒)建議觀察15年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風(fēng)險(xiǎn)(ganran或再jihuo)?;蚓庉嫯a(chǎn)品建議觀察15年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風(fēng)險(xiǎn)。?腺相關(guān)病毒載體建議觀察5年或至數(shù)據(jù)表明不再存在任何風(fēng)險(xiǎn)。脫靶檢測(cè)評(píng)估標(biāo)準(zhǔn),推薦唯...
通常不需要進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)的遺傳毒性組合試驗(yàn),但應(yīng)根據(jù)基因zhiliao產(chǎn)品的特點(diǎn)、產(chǎn)品的具體適應(yīng)癥、載體的已有信息、導(dǎo)入基因序列結(jié)構(gòu)等,評(píng)估基因zhiliao產(chǎn)品整合進(jìn)基因組的可能性,判斷是否需要開(kāi)展另外的遺傳毒性研究,如研究基因組修飾的發(fā)生情況,并檢測(cè)隨后可能發(fā)生的異常細(xì)胞行為;評(píng)估插入突變(插入位點(diǎn)、插入拷貝數(shù)等)引起的遺傳毒性風(fēng)險(xiǎn)。當(dāng)基因zhiliao產(chǎn)品采用基因編輯或轉(zhuǎn)座子技術(shù)時(shí),需要關(guān)注脫靶編輯、轉(zhuǎn)座子轉(zhuǎn)座印跡引起的遺傳毒性問(wèn)題;鑒定/表征基因組整合位點(diǎn)。脫靶檢測(cè)安全性評(píng)價(jià),推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專(zhuān)業(yè)性高,檢測(cè)效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。off-target脫靶檢測(cè)報(bào)告持續(xù)ganran,有復(fù)...
gRNA的長(zhǎng)度和錯(cuò)配: 17個(gè)核苷酸長(zhǎng)度的gRNA顯示出更高的基因組編輯效率。相比之下,18-20 bp的長(zhǎng)度顯示出較低的基因組編輯效率。在人類(lèi)細(xì)胞中減少潛在脫靶效應(yīng)的指導(dǎo)方針:1) 應(yīng)避免在PAM的7-10 bp范圍內(nèi)靶序列有超過(guò)3個(gè)錯(cuò)配;2) 在PAM的12 bp內(nèi),應(yīng)避免sgRNA 凸起以減少脫靶效應(yīng)。gRNA的化學(xué)修飾:在gRNA核糖磷酸骨架中加入2?-O-甲基-3?-膦?;宜狨?huì)導(dǎo)致位點(diǎn)特異性修飾,使脫靶切割減少40-120倍,同時(shí)保持靶向性能。gRNA上游5'發(fā)夾結(jié)構(gòu)的修飾可以提高Cas9和Cas12的特異性,降低脫靶效應(yīng)?;蚓庉嫾夹g(shù)脫靶檢測(cè),推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專(zhuān)業(yè)性高...
近幾年,細(xì)胞和基因zhiliao(cell & gene therapy,CGT)領(lǐng)域發(fā)展迅猛,在多個(gè)方向取得了重大突破,以anti-CD19和BCMA為代的多種CAR-T免疫細(xì)胞療法攻克了一部分血液瘤,多種AAV療法也給一些難以成藥的罕見(jiàn)病提供了有效的zhiliao方案。另一方面,基于CRISPR基因編輯技術(shù)的眾多基因療法也進(jìn)展迅速,較早體外基因編輯療法較快今年年底能夠上市(CRISPR Therapeutics CTX001),體內(nèi)基因編輯療法取得了不錯(cuò)的臨床數(shù)據(jù)(Intellia Therapeutics NTLA-2001),使用CRISPR技術(shù)制造的通用型CAR-T療法也是免疫細(xì)胞療...
以上長(zhǎng)期隨訪時(shí)間的建議主要基于基因zhiliao的產(chǎn)品類(lèi)型,具體產(chǎn)品的隨訪時(shí)間取決于產(chǎn)品的特性和體內(nèi)存在時(shí)間、轉(zhuǎn)基因表達(dá)時(shí)間、遲發(fā)性不良反應(yīng)的預(yù)期時(shí)間及發(fā)生率、受試者適應(yīng)癥和預(yù)期生存期、給藥途徑、以及長(zhǎng)期隨訪的其他觀察目的。隨著隨訪數(shù)據(jù)的積累,研究者和研究申辦方可能會(huì)根據(jù)產(chǎn)品的存在情況、轉(zhuǎn)基因表達(dá)和臨床表現(xiàn)的持續(xù)評(píng)估情況,延長(zhǎng)或縮短長(zhǎng)期隨訪的持續(xù)時(shí)間。如果研究申辦方認(rèn)為其基因zhiliao產(chǎn)品安全性風(fēng)險(xiǎn)較低、無(wú)需開(kāi)展長(zhǎng)期隨訪臨床研究,或者希望變更隨訪時(shí)間,應(yīng)合理說(shuō)明依據(jù)或變更理由并與藥品監(jiān)督管理部門(mén)進(jìn)行溝通。預(yù)算允許的情況下,通過(guò)全基因組測(cè)序的方法進(jìn)行全基因組序列的分析和比對(duì)更精細(xì),如基于NG...
CRISPR/Cas9的問(wèn)題:和TALEN和ZFNS技術(shù)一樣,CRISPR/Cas9技術(shù)在應(yīng)用時(shí)也存在一定概率的脫靶問(wèn)題——Cas9核酸酶在非目標(biāo)位點(diǎn)發(fā)生切割,引入非預(yù)期的基因突變。脫靶切割引入的突變可能會(huì)直接破壞細(xì)胞的基本功能,帶來(lái)不可預(yù)控的嚴(yán)重后果。如何減輕脫靶效應(yīng)?gRNA的GC含量:gRNA 的序列結(jié)構(gòu)對(duì)CRISPR/Cas9基因編輯的靶向活性有影響。gRNA 序列中 40%–60%的 GC 含量可以增加靶向活性,因?yàn)檩^高的 GC 含量穩(wěn)定了DNA:RNA 雙鏈體并破壞了脫靶結(jié)合。gRNA-on-gRNA序列的位置對(duì)編輯有影響,位于四個(gè)核苷酸末端的嘌呤殘基可以提高編輯效率。鳥(niǎo)嘌呤優(yōu)先選...
臨床研究人群,如果一種基因zhiliao產(chǎn)品具有引起遲發(fā)性不良反應(yīng)的風(fēng)險(xiǎn),需要開(kāi)展長(zhǎng)期隨訪觀察時(shí),所有接受基因zhiliao產(chǎn)品的受試者在簽署知情同意書(shū)后均應(yīng)入組長(zhǎng)期隨訪臨床研究。在設(shè)計(jì)長(zhǎng)期隨訪臨床研究的方案時(shí),應(yīng)考慮目標(biāo)受試者人群及特征、整體健康情況以及接受zhiliao的患者的預(yù)期生存期等特征對(duì)遲發(fā)性不良反應(yīng)的收集的影響。通常來(lái)說(shuō),當(dāng)臨床研究人群的某些特征(如預(yù)期壽命短、多重合并癥、以及暴露于放療或化療等其他藥物)可能干擾遲發(fā)性不良反應(yīng)的觀察分析時(shí),會(huì)影響長(zhǎng)期隨訪觀察在評(píng)估和減輕受試者風(fēng)險(xiǎn)方面的效用;而在病情較輕或較局限,合并癥以及伴隨zhiliao有限或較穩(wěn)定的受試者中,通過(guò)長(zhǎng)期隨訪觀察...
CRISPR基因編輯zhiliao發(fā)展如火如荼,但也有不少人對(duì)基因zhiliao的安全性提出擔(dān)憂,由于CRISPR技術(shù)是直接改變基因組DNA,其中任何的改變都會(huì)被長(zhǎng)久保留下來(lái),所以CRISPR對(duì)于DNA序列的任何改變都需要嚴(yán)謹(jǐn)?shù)陌踩u(píng)估。根據(jù)目前已經(jīng)公開(kāi)的FDA關(guān)于基因zhiliao的指導(dǎo)文件,對(duì)于基因zhiliao安全性的評(píng)估可以簡(jiǎn)單總結(jié)為兩個(gè)方面:由于目前大部分CRISPR基因編輯zhiliao方案是基于CRISPR引起的DNA雙鏈斷裂和隨機(jī)突變進(jìn)行基因敲除,所以一類(lèi)風(fēng)險(xiǎn)主要是指靶位點(diǎn)的隨機(jī)突變引發(fā)的安全風(fēng)險(xiǎn),如果出現(xiàn)大片段丟失、染色體重排等異常變化,都存在巨大的安全隱患。脫靶檢測(cè)方法,推...
如果基因zhiliao產(chǎn)品通過(guò)全身給xingfang式遞送,長(zhǎng)期隨訪中的安全性監(jiān)測(cè)不僅包括靶qiguan或靶組織的脫靶活性,而且還應(yīng)包括可能發(fā)生在其他組織和qiguan中的脫靶活性?;蚪M整合性或者脫靶活性的分析通常需采用有創(chuàng)性12檢測(cè)方法取得樣本,實(shí)施時(shí)還需要考慮技術(shù)和倫理上的可行性,例如靶向視網(wǎng)膜或肝臟等組織的基因zhiliao產(chǎn)品,可能難以對(duì)靶細(xì)胞采樣,這種情況下可能需要通過(guò)密切的臨床隨訪等方式間接評(píng)估風(fēng)險(xiǎn);同時(shí),選擇易于采樣的替代細(xì)胞也可能提供關(guān)于相關(guān)信息,例如靶向骨髓造血干細(xì)胞的基因zhiliao產(chǎn)品,可以通過(guò)采集外周血細(xì)胞或富集外周血干細(xì)胞進(jìn)行觀察?;蚓庉嬅摪袡z測(cè),推薦唯可生物,...
細(xì)胞經(jīng)基因修飾后會(huì)改變其生物學(xué)特性,同時(shí)也會(huì)帶來(lái)新的安全性風(fēng)險(xiǎn),如基因編輯脫靶風(fēng)險(xiǎn)、載體插入突變風(fēng)險(xiǎn)、載體重組風(fēng)險(xiǎn)、表達(dá)的轉(zhuǎn)基因產(chǎn)物的風(fēng)險(xiǎn)等。細(xì)胞經(jīng)基因修飾后會(huì)改變其生物學(xué)特性,同時(shí)也會(huì)帶來(lái)新的安全性風(fēng)險(xiǎn),如基因編輯脫靶風(fēng)險(xiǎn)、載體插入突變風(fēng)險(xiǎn)、載體重組風(fēng)險(xiǎn)、表達(dá)的轉(zhuǎn)基因產(chǎn)物的風(fēng)險(xiǎn)等。基于基因修飾細(xì)胞的產(chǎn)品種類(lèi)繁多、各有特點(diǎn),除上述一般技術(shù)要求外,還應(yīng)基于產(chǎn)品的性進(jìn)行相應(yīng)的特殊考慮。本指導(dǎo)原則列舉了以下三種情形的特殊考慮。預(yù)算允許的情況下,通過(guò)全基因組測(cè)序的方法進(jìn)行全基因組序列的分析和比對(duì)更精細(xì),如基于NGS的iGUIDE方法。連云港種子脫靶檢測(cè)方法CRISPR/Cas9的問(wèn)題:和TALEN和Z...
使用CRISPR/Cas9、ZFNs和TALENs等設(shè)計(jì)核酸酶進(jìn)行基因組編輯,可以將遺傳物質(zhì)定向?qū)氩溉閯?dòng)物基因組的特定位點(diǎn)。然而,可能會(huì)出現(xiàn)非預(yù)期的靶上和靶外基因組修飾,這可能導(dǎo)致基因組不穩(wěn)定,并破壞正?;虻墓δ?,從而可能導(dǎo)致臨床前和臨床研究中的安全問(wèn)題?;蚓庉嬆壳暗拿摪蟹治黾夹g(shù)主要依賴(lài)于生物信息學(xué)預(yù)測(cè)和全基因組脫靶檢測(cè)技術(shù)。這些預(yù)測(cè)缺乏可靠性,因?yàn)樗鼈冎缓w了潛在基因組改變的一小部分。而頻率低于0.5%的脫靶突變大多無(wú)法被全基因組脫靶檢測(cè)技術(shù)檢測(cè)到。我們是開(kāi)發(fā)用于全基因組靶向/非靶向分析的無(wú)偏分析的先驅(qū)。靶向基因組編輯唯可生物為基因編輯安全性評(píng)估提供多方面的PCR和基于NGS的分析。我...
CRISPR/Cas9的問(wèn)題:和TALEN和ZFNS技術(shù)一樣,CRISPR/Cas9技術(shù)在應(yīng)用時(shí)也存在一定概率的脫靶問(wèn)題——Cas9核酸酶在非目標(biāo)位點(diǎn)發(fā)生切割,引入非預(yù)期的基因突變。脫靶切割引入的突變可能會(huì)直接破壞細(xì)胞的基本功能,帶來(lái)不可預(yù)控的嚴(yán)重后果。如何減輕脫靶效應(yīng)?gRNA的GC含量:gRNA 的序列結(jié)構(gòu)對(duì)CRISPR/Cas9基因編輯的靶向活性有影響。gRNA 序列中 40%–60%的 GC 含量可以增加靶向活性,因?yàn)檩^高的 GC 含量穩(wěn)定了DNA:RNA 雙鏈體并破壞了脫靶結(jié)合。gRNA-on-gRNA序列的位置對(duì)編輯有影響,位于四個(gè)核苷酸末端的嘌呤殘基可以提高編輯效率。鳥(niǎo)嘌呤優(yōu)先選...
由于設(shè)計(jì)的sgRNA會(huì)與非靶點(diǎn)DNA序列錯(cuò)配,引入非預(yù)期的基因突變,即脫靶效應(yīng)(Off-targeteffects)。脫靶效應(yīng)造成了研究中的許多不確定性,這無(wú)疑限制了該技術(shù)的應(yīng)用。因此,研究者希望能開(kāi)發(fā)有效的方法來(lái)檢測(cè)脫靶效應(yīng)。在目前主流的脫靶效應(yīng)評(píng)估方法中,有一種方法為GUIDE-seq,其原理是利用一種短的雙鏈寡聚核苷酸(dsODN)標(biāo)記CRISPR/Cas誘導(dǎo)的脫靶斷裂,然后對(duì)標(biāo)簽所在的基因組區(qū)域進(jìn)行高通量測(cè)序,通過(guò)生物信息學(xué)分析從而確定脫靶位點(diǎn)。利用該技術(shù)可以在基因組范圍內(nèi)檢測(cè)CRISPR脫靶效應(yīng),從而改變了以往先預(yù)測(cè)假定脫靶位點(diǎn)再檢測(cè)的思路;與其他的評(píng)估方法相比,GUIDE-seq更...
gRNA的長(zhǎng)度和錯(cuò)配: 17個(gè)核苷酸長(zhǎng)度的gRNA顯示出更高的基因組編輯效率。相比之下,18-20 bp的長(zhǎng)度顯示出較低的基因組編輯效率。在人類(lèi)細(xì)胞中減少潛在脫靶效應(yīng)的指導(dǎo)方針:1) 應(yīng)避免在PAM的7-10 bp范圍內(nèi)靶序列有超過(guò)3個(gè)錯(cuò)配;2) 在PAM的12 bp內(nèi),應(yīng)避免sgRNA 凸起以減少脫靶效應(yīng)。gRNA的化學(xué)修飾:在gRNA核糖磷酸骨架中加入2?-O-甲基-3?-膦酰基乙酸酯會(huì)導(dǎo)致位點(diǎn)特異性修飾,使脫靶切割減少40-120倍,同時(shí)保持靶向性能。gRNA上游5'發(fā)夾結(jié)構(gòu)的修飾可以提高Cas9和Cas12的特異性,降低脫靶效應(yīng)。種子基因脫靶檢測(cè),推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專(zhuān)業(yè)性高,檢...
細(xì)胞經(jīng)基因修飾后會(huì)改變其生物學(xué)特性,同時(shí)也會(huì)帶來(lái)新的安全性風(fēng)險(xiǎn),如基因編輯脫靶風(fēng)險(xiǎn)、載體插入突變風(fēng)險(xiǎn)、載體重組風(fēng)險(xiǎn)、表達(dá)的轉(zhuǎn)基因產(chǎn)物的風(fēng)險(xiǎn)等。細(xì)胞經(jīng)基因修飾后會(huì)改變其生物學(xué)特性,同時(shí)也會(huì)帶來(lái)新的安全性風(fēng)險(xiǎn),如基因編輯脫靶風(fēng)險(xiǎn)、載體插入突變風(fēng)險(xiǎn)、載體重組風(fēng)險(xiǎn)、表達(dá)的轉(zhuǎn)基因產(chǎn)物的風(fēng)險(xiǎn)等。基于基因修飾細(xì)胞的產(chǎn)品種類(lèi)繁多、各有特點(diǎn),除上述一般技術(shù)要求外,還應(yīng)基于產(chǎn)品的性進(jìn)行相應(yīng)的特殊考慮。本指導(dǎo)原則列舉了以下三種情形的特殊考慮。可以與靶基因之外的其他基因作用而非特異性阻斷基因表達(dá),即產(chǎn)生非靶基因的沉默效應(yīng)。常州育種脫靶檢測(cè)安評(píng)堿基編輯器:CBE:胞嘧啶堿基編輯器(Cytosine base edito...
圍繞大家關(guān)心的CRISPR基因編輯安全性問(wèn)題,我們首先對(duì)CRISPR脫靶位點(diǎn)檢測(cè)技術(shù)進(jìn)行一次大盤(pán)點(diǎn),在sgRNA設(shè)計(jì)階段需要如何做才能夠盡可能地避免脫靶現(xiàn)象的發(fā)生。較簡(jiǎn)單的脫靶位點(diǎn)檢測(cè)方法是全基因組測(cè)序(WGS),但在實(shí)際使用中,即使測(cè)序深度達(dá)到100X,也很難發(fā)現(xiàn)一些低頻率的脫靶位點(diǎn),同時(shí)測(cè)序成本卻非常高。為彌補(bǔ)WGS的這些缺陷,常見(jiàn)的脫靶位點(diǎn)檢測(cè)技術(shù)都需要對(duì)脫靶位點(diǎn)進(jìn)行捕獲富集,來(lái)提高檢測(cè)靈敏度,降低測(cè)序成本。按照實(shí)驗(yàn)原理的不同,脫靶位點(diǎn)檢測(cè)技術(shù)可以分為細(xì)胞外、細(xì)胞內(nèi)和其他特殊方法這3類(lèi)。脫靶檢測(cè)安全性評(píng)價(jià),推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專(zhuān)業(yè)性高,檢測(cè)效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。深圳脫靶檢測(cè)企業(yè)細(xì)胞...
細(xì)胞外檢測(cè)方法:細(xì)胞外檢測(cè)方法較為直接,將基因組提純后進(jìn)行CRISPR體外切割實(shí)驗(yàn),再捕獲發(fā)生脫靶切割的位點(diǎn)即可。1) Digenome-seqDigenome-seq是較早提出的一類(lèi)細(xì)胞外脫靶位點(diǎn)檢測(cè)方法,提純的基因組DNA被Cas9/sgRNA切割后,再經(jīng)過(guò)標(biāo)準(zhǔn)的全基因組測(cè)序流程獲得測(cè)序數(shù)據(jù),之后需要較為復(fù)雜的生物信息學(xué)分析才能夠獲得CRISPR切割位點(diǎn)的信息??傮w來(lái)講,這種方法測(cè)序成本較高,并且檢測(cè)靈敏度也有限。2)SITE-seq為了有效檢測(cè)到低頻脫靶位點(diǎn),一般需要在建庫(kù)時(shí)定向捕獲CRISPR切割位點(diǎn)。SITE-seq就是這樣一種測(cè)序方法,提純的基因組DNA經(jīng)過(guò)Cas9/sgRNA切割...
細(xì)胞外檢測(cè)方法:細(xì)胞外檢測(cè)方法較為直接,將基因組提純后進(jìn)行CRISPR體外切割實(shí)驗(yàn),再捕獲發(fā)生脫靶切割的位點(diǎn)即可。1) Digenome-seqDigenome-seq是較早提出的一類(lèi)細(xì)胞外脫靶位點(diǎn)檢測(cè)方法,提純的基因組DNA被Cas9/sgRNA切割后,再經(jīng)過(guò)標(biāo)準(zhǔn)的全基因組測(cè)序流程獲得測(cè)序數(shù)據(jù),之后需要較為復(fù)雜的生物信息學(xué)分析才能夠獲得CRISPR切割位點(diǎn)的信息。總體來(lái)講,這種方法測(cè)序成本較高,并且檢測(cè)靈敏度也有限。2)SITE-seq為了有效檢測(cè)到低頻脫靶位點(diǎn),一般需要在建庫(kù)時(shí)定向捕獲CRISPR切割位點(diǎn)。SITE-seq就是這樣一種測(cè)序方法,提純的基因組DNA經(jīng)過(guò)Cas9/sgRNA切割...
基因編輯產(chǎn)品除了適用基因zhiliao產(chǎn)品的一般考慮以及整合性載體的特殊考慮外,長(zhǎng)期隨訪中還應(yīng)額外關(guān)注脫靶風(fēng)險(xiǎn),量化評(píng)估脫靶活性和在靶活性之間的相關(guān)性,或利用在靶活性來(lái)預(yù)測(cè)脫靶活性的水平。在開(kāi)發(fā)過(guò)程中應(yīng)同時(shí)關(guān)注基因轉(zhuǎn)導(dǎo)效率、脫靶效率、插入突變情況、目的基因在靶細(xì)胞中整合位點(diǎn)及表達(dá)。評(píng)估基因zhiliao產(chǎn)品整合進(jìn)基因組的可能性,判斷是否需要開(kāi)展另外的遺傳毒性研究,評(píng)估插入突變(插入位點(diǎn)、插入拷貝數(shù)等)引起的遺傳毒性風(fēng)險(xiǎn)。需要關(guān)注脫靶編輯、轉(zhuǎn)座子轉(zhuǎn)座印跡引起的遺傳毒性問(wèn)題;鑒定/表征基因組整合位點(diǎn)。非臨床研究是藥物開(kāi)發(fā)的重要環(huán)節(jié)之一。脫靶檢測(cè)guide-sequence,推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng)...
圍繞大家關(guān)心的CRISPR基因編輯安全性問(wèn)題,我們首先對(duì)CRISPR脫靶位點(diǎn)檢測(cè)技術(shù)進(jìn)行一次大盤(pán)點(diǎn),在sgRNA設(shè)計(jì)階段需要如何做才能夠盡可能地避免脫靶現(xiàn)象的發(fā)生。較簡(jiǎn)單的脫靶位點(diǎn)檢測(cè)方法是全基因組測(cè)序(WGS),但在實(shí)際使用中,即使測(cè)序深度達(dá)到100X,也很難發(fā)現(xiàn)一些低頻率的脫靶位點(diǎn),同時(shí)測(cè)序成本卻非常高。為彌補(bǔ)WGS的這些缺陷,常見(jiàn)的脫靶位點(diǎn)檢測(cè)技術(shù)都需要對(duì)脫靶位點(diǎn)進(jìn)行捕獲富集,來(lái)提高檢測(cè)靈敏度,降低測(cè)序成本。按照實(shí)驗(yàn)原理的不同,脫靶位點(diǎn)檢測(cè)技術(shù)可以分為細(xì)胞外、細(xì)胞內(nèi)和其他特殊方法這3類(lèi)。如何檢測(cè)是否發(fā)生脫靶?武漢off-target脫靶檢測(cè)CRO細(xì)胞外檢測(cè)方法:細(xì)胞外檢測(cè)方法較為直接,將...
GUIDE-Seq脫靶評(píng)估技術(shù)的優(yōu)勢(shì)分析鼓潤(rùn)致力于基因組編輯工具脫靶的分析檢測(cè)工作,為篩選、優(yōu)化基因組編輯工具的保真性提供標(biāo)準(zhǔn)化的分析。我們脫靶分析具有如下優(yōu)勢(shì):實(shí)用性強(qiáng):能反映CRISPR在真核細(xì)胞中進(jìn)行基因編輯的在靶與脫靶情況,以進(jìn)行安全性和有效性評(píng)價(jià);檢測(cè)通量高:一次能檢測(cè)多個(gè)樣本的在靶與脫靶情況,并通過(guò)優(yōu)化的標(biāo)簽設(shè)計(jì),降低實(shí)際的測(cè)序reads數(shù)量;準(zhǔn)確性高:絕大部分檢測(cè)結(jié)果可被驗(yàn)證;靈敏度高:能夠高效檢測(cè)出低頻脫靶位點(diǎn),檢測(cè)低至0.1%的脫靶突變;實(shí)驗(yàn)難度低:操作過(guò)程簡(jiǎn)單易行細(xì)胞適應(yīng)性強(qiáng)。脫靶檢測(cè)安評(píng),推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專(zhuān)業(yè)性高,檢測(cè)效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。深圳脫靶檢測(cè)guide...
持續(xù)ganran,有復(fù)制能力的病毒或細(xì)菌載體基因zhiliao產(chǎn)品,有可能在免疫能力低下的患者中發(fā)展為持續(xù)ganran,進(jìn)一步增加發(fā)生遲發(fā)但嚴(yán)重ganran的風(fēng)險(xiǎn)?;蚓庉嫽钚裕蚓庉嫷刃滦突騴hiliao產(chǎn)品有獨(dú)特的基因組修飾功能,可誘導(dǎo)人類(lèi)基因組中的位點(diǎn)特異性改變或修飾,同時(shí)也可能在基因組中發(fā)生脫靶效應(yīng),導(dǎo)致非預(yù)期的基因表達(dá)變化,進(jìn)而增加未知且不可預(yù)測(cè)的遲發(fā)性不良反應(yīng)風(fēng)險(xiǎn)。非預(yù)期的生物分布,某些基因zhiliao產(chǎn)品需要在特定的細(xì)胞或組織中表達(dá)以實(shí)現(xiàn)zhiliao目的,如果基因zhiliao產(chǎn)品在非預(yù)期的細(xì)胞、組織或qiguan中表達(dá)或修飾,可能引起非靶細(xì)胞功能、生長(zhǎng)或/分化改變,甚至...
不同基因zhiliao產(chǎn)品的特殊考慮。關(guān)于整合性載體的特殊考慮如受試者接受整合性載體基因zhiliao產(chǎn)品,例如轉(zhuǎn)座子元件、γ-逆轉(zhuǎn)錄病毒、慢病毒及其他逆轉(zhuǎn)錄病毒載體,或利用整合性載體或基于轉(zhuǎn)座子的載體在體外修飾的細(xì)胞,長(zhǎng)期隨訪中需格外關(guān)注基因zhiliao產(chǎn)品的基因組整合風(fēng)險(xiǎn),建議申辦方分析基因zhiliao載體在靶細(xì)胞或相關(guān)替代細(xì)胞的基因組中整合的影響(例如是否存在克隆性生長(zhǎng)、是否存在優(yōu)勢(shì)克隆、克隆性生長(zhǎng)是否導(dǎo)致惡性liu等)。如果基因組整合相關(guān)風(fēng)險(xiǎn)的分析可行,應(yīng)注意以下幾點(diǎn):?在接受基因zhiliao產(chǎn)品的較初5年內(nèi),兩次檢測(cè)間的采樣間隔建議不超過(guò)6個(gè)月。此后每年至少檢測(cè)一次,直至檢測(cè)數(shù)...
使用CRISPR/Cas9、ZFNs和TALENs等設(shè)計(jì)核酸酶進(jìn)行基因組編輯,可以將遺傳物質(zhì)定向?qū)氩溉閯?dòng)物基因組的特定位點(diǎn)。然而,可能會(huì)出現(xiàn)非預(yù)期的靶上和靶外基因組修飾,這可能導(dǎo)致基因組不穩(wěn)定,并破壞正常基因的功能,從而可能導(dǎo)致臨床前和臨床研究中的安全問(wèn)題?;蚓庉嬆壳暗拿摪蟹治黾夹g(shù)主要依賴(lài)于生物信息學(xué)預(yù)測(cè)和全基因組脫靶檢測(cè)技術(shù)。這些預(yù)測(cè)缺乏可靠性,因?yàn)樗鼈冎缓w了潛在基因組改變的一小部分。而頻率低于0.5%的脫靶突變大多無(wú)法被全基因組脫靶檢測(cè)技術(shù)檢測(cè)到。我們是開(kāi)發(fā)用于全基因組靶向/非靶向分析的無(wú)偏分析的先驅(qū)。靶向基因組編輯唯可生物為基因編輯安全性評(píng)估提供多方面的PCR和基于NGS的分析。我...
采用基因編輯技術(shù)制備的細(xì)胞產(chǎn)品。對(duì)于采用基因編輯技術(shù)制備的基因修飾細(xì)胞產(chǎn)品,應(yīng)進(jìn)行體外在靶和脫靶活性評(píng)估,以確認(rèn)修飾酶或向?qū)NA對(duì)靶基因序列的特異性。在評(píng)估基因編輯的脫靶風(fēng)險(xiǎn)時(shí),應(yīng)說(shuō)明所選擇的評(píng)價(jià)策略的合理性和敏感性。雖然采用計(jì)算機(jī)分析預(yù)測(cè)基因編輯的潛在脫靶位點(diǎn),并對(duì)潛在脫靶位點(diǎn)進(jìn)行深度測(cè)序分析,可用于評(píng)估基因編輯的脫靶風(fēng)險(xiǎn);但選擇的評(píng)價(jià)策略仍應(yīng)包含體外全基因組測(cè)序比對(duì),以證明潛在脫靶位點(diǎn)未出現(xiàn)脫靶。此外,在評(píng)估脫靶活性時(shí),還應(yīng)評(píng)估種屬特異性的差異、細(xì)胞病理生理狀態(tài)的差異或細(xì)胞類(lèi)型的差異對(duì)非臨床數(shù)據(jù)預(yù)測(cè)性的影響。必要時(shí),還應(yīng)分析基因編輯對(duì)細(xì)胞表型和生理功能的潛在影響。育種脫靶檢測(cè),推薦唯可生...
基因重排或重組。當(dāng)基因zhiliao產(chǎn)品所用載體及其攜帶的基因發(fā)生復(fù)制時(shí),可能出現(xiàn)非zhiliao目的非預(yù)期的基因表達(dá)或改變,或者與相應(yīng)野生型或輔助病毒互補(bǔ)后產(chǎn)生回復(fù)突變或意外復(fù)制或形成6新的病毒。免疫原性。由于基因zhiliao產(chǎn)品在體內(nèi)的持續(xù)暴露或者需要多次給藥等情況,機(jī)體可能產(chǎn)生針對(duì)基因zhiliao載體或編碼的作用因子的免疫應(yīng)答。由于基因zhiliao產(chǎn)品在靶細(xì)胞或組織中的表達(dá)時(shí)間、分布范圍或表達(dá)強(qiáng)度等差異,機(jī)體免疫應(yīng)答的后果可能從不具有臨床意義的一過(guò)性的免疫反應(yīng),到針對(duì)靶細(xì)胞或組織的免疫攻擊,甚至產(chǎn)生嚴(yán)重危及生命的不良事件。檢測(cè)脫靶效應(yīng)比較好的方法:CIRCLE-seq。臺(tái)州基因編輯...