轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的方法：轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一門在整體水平上研究細(xì)胞中所有基因轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。在早期，由于測序價(jià)格昂貴、基因序列數(shù)目有限，轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究者只能進(jìn)行極少數(shù)特定基因的結(jié)構(gòu)功能分析和表達(dá)研究。近十幾年，分子生物學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展使高通量分析成為可能，這為真正意義上的轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究奠定了基礎(chǔ)。這些高通量研究方法主要可以分為兩類：一類是基于這類方法包括表達(dá)序列標(biāo)簽技術(shù)、基因表達(dá)系列分析技術(shù)、大規(guī)模平行測序技術(shù)、RNA測序技術(shù)其中。以DNA為模板合成RNA的轉(zhuǎn)錄過程是基因表達(dá)的第一步，也是基因表達(dá)調(diào)控的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。浙江外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序結(jié)果的影響因素？RNA的降解嚴(yán)重影響測序的質(zhì)量，RNA降解后，加入poly-A后無法捕獲純化mRNA，因此，隨機(jī)引物反轉(zhuǎn)錄無法得到全部的cDNA，導(dǎo)致測序結(jié)果出現(xiàn)明顯的3‘-和5’-偏向。文庫中的poly-A多聚物的存在會(huì)對(duì)測序信號(hào)產(chǎn)生干擾，影響測序結(jié)果的準(zhǔn)確性；同時(shí)由于轉(zhuǎn)錄組中轉(zhuǎn)錄本的豐度不一致，實(shí)驗(yàn)前需要對(duì)樣本進(jìn)行均一化處理，否則高豐度的表達(dá)基因會(huì)掩蓋低豐度表達(dá)基因，導(dǎo)致尋找新基因失敗或者是獲得大量無意義的重復(fù)序列。廣東全轉(zhuǎn)錄學(xué)組分析轉(zhuǎn)錄組學(xué)無需了解物種基因信息，能夠直接對(duì)任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析。

單細(xì)胞RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)工作流程：單細(xì)胞RNA測序等高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)通常從針對(duì)不同瘤和組織類型（解離、分選和分離細(xì)胞等）量身定制的實(shí)驗(yàn)工作流程開始，然后產(chǎn)生可以比對(duì)的序列，量化、質(zhì)量控制(QC)過濾和以不同方式標(biāo)準(zhǔn)化，以實(shí)現(xiàn)許多下游計(jì)算分析，例如聚類分析以識(shí)別轉(zhuǎn)錄不同的細(xì)胞類型和亞群，等位基因分析以識(shí)別單核苷酸變異（SNV，用星號(hào)表示）或拷貝數(shù)變體（CNV）、軌跡分析、剪接檢測或瘤的微環(huán)境（TME）相互作用的推斷中。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的分析通常因精心設(shè)計(jì)的研究設(shè)計(jì)而變得復(fù)雜，這些設(shè)計(jì)可能包括來自患病和未患病個(gè)體的樣本、在不同時(shí)間點(diǎn)（例如，診療前和診療后）收集的同一個(gè)人的多個(gè)樣本，或來自表現(xiàn)出不同疾病狀態(tài)的不同個(gè)體的多個(gè)樣本。這樣的研究設(shè)計(jì)可以發(fā)現(xiàn)患者共享的轉(zhuǎn)錄特征，這些特征可能定義疾病中常見的干擾分子途徑。

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用：RNA-Seq即對(duì)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測序和分析。一般來說在研究所會(huì)委托公司測序得到數(shù)據(jù)自己進(jìn)行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控，mapping，差異基因表達(dá)分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應(yīng)用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，不同組織：研究基因在不同部分的表達(dá)情況。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下，不同條件下的表達(dá)變化。同一組織，不同物種：研究基因的進(jìn)化關(guān)系。時(shí)間序列實(shí)驗(yàn)：基因在不同時(shí)期的表達(dá)情況與發(fā)育的關(guān)系?；蚍诸悾赫业郊?xì)胞特異，疾病相關(guān)，處理相關(guān)的基因表達(dá)模式，用于診斷疾病和預(yù)測等。基因網(wǎng)絡(luò)和通路：基因在細(xì)胞活動(dòng)中的功能，基因間的相互作用。廣義轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一個(gè)特定細(xì)胞所有轉(zhuǎn)錄本的總和。

RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢有：1、可以直接測定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度;2、靈敏度高，可以檢測細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本;3、可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析，能夠檢測未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本，并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP，UTR區(qū)域;4、檢測范圍廣，能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)是需要生物學(xué)重復(fù)的，至少需要兩次生物學(xué)重復(fù)，3次以上的生物學(xué)重復(fù)更好。以3個(gè)重復(fù)為例，加上對(duì)照的三個(gè)生物學(xué)重復(fù)，一次RNA-seq需要6個(gè)樣本。轉(zhuǎn)錄組廣義上指在某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合。全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組分析價(jià)格

轉(zhuǎn)錄組學(xué)狹義上指所有mRNA的組合。浙江外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法

circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)：是一類具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子，沒有5′帽子結(jié)構(gòu)和3′poly（A）結(jié)構(gòu)，主要位于細(xì)胞質(zhì)或儲(chǔ)存于外泌體中，不受RNA外切酶影響，表達(dá)更穩(wěn)定且不易降解，已被證明普遍存在于多種真核生物體內(nèi)[1]。大多數(shù)circRNA是由外顯子環(huán)化而成，也有部分circRNA是由內(nèi)含子環(huán)化而成的套索結(jié)構(gòu)。同時(shí)由于circRNA含有大量的miRNA應(yīng)答原件（MREs），能與AGO蛋白形成RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合體（RISC）的催化關(guān)鍵，然后導(dǎo)致circRNA降解。根據(jù)來源，circRNA可大致分為四類：全外顯子型的circRNA，內(nèi)含子和外顯子組合的EIcircRNA，內(nèi)含子組成的套索型ciRNA，由病毒RNA基因組、tRNA、rRNA、snRNA等環(huán)化產(chǎn)生的circRNA。浙江外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法