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蛋白質(zhì)組學(xué)概念:蛋白質(zhì)組學(xué)(英語:proteomics,又譯作蛋白質(zhì)體學(xué)),是以蛋白質(zhì)組為研究對象,研究細胞、組織或生物體蛋白質(zhì)組成及其變化規(guī)律的科學(xué)。蛋白質(zhì)組(Proteome)一詞,源于蛋白質(zhì)(protein)與基因組(genome)兩個詞的組合,意指“一種基因組所表達的全套蛋白質(zhì)”,即包括一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)組學(xué)本質(zhì)上指的是在大規(guī)模水平上研究蛋白質(zhì)的特征,包括蛋白質(zhì)的表達水平,翻譯后的修飾,蛋白與蛋白相互作用等,由此獲得蛋白質(zhì)水平上的關(guān)于疾病發(fā)生,細胞代謝等過程的整體而全方面的認識。蛋白質(zhì)組與基因組相對應(yīng),也是一個整體的概念。南京定量乙?;鞍踪|(zhì)組學(xué)價格
PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析流程是怎樣的?要做PRM首先要明確目標蛋白(或多肽)是什么,設(shè)計和建立針對這些目標蛋白PRM質(zhì)譜采集方法,然后對待測樣品進行PRM數(shù)據(jù)采集,將得到的原始譜圖數(shù)據(jù)導(dǎo)入分析軟件提取子離子信息進行定量。另外,如果配制已知濃度的標準肽段,用PRM額外做一個標準曲線,即可實現(xiàn)一定的定量。PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)能應(yīng)用到哪些方面?研究工作中涉及到蛋白或多肽定量的都可以通過PRM技術(shù)來實現(xiàn)。具體說來,比如驗證定量蛋白質(zhì)組學(xué)中某些蛋白的變化,多肽的相對和一定的定量,想做蛋白定量卻沒有抗體,針對蛋白修飾位點的定量,想同時定量多個蛋白的情況等,都可以用PRM來做。江蘇定量蛋白組學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)研究策略有什么?
定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析:特點:(1)不同樣本標記之后混樣,統(tǒng)一處理上機,減少了分別上機造成的實驗誤差,并利用同位素標簽的豐度來檢測,定量更準確,重復(fù)性更好;(2)由于需要標記試劑標記,因此成本相對較高;(3)通量高,在一次實驗中比較多可同時比較8個樣品;(4)利用基于同一個參考樣品的辦法,可以進行多于8個樣品的定量比較;(5)iTRAQ的覆蓋度高、靈敏度高。Label-Free定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析:Label-Free定量,即非標記的定量蛋白質(zhì)組學(xué),不需要對比較樣本做特定標記處理,只需要比較特定肽段/蛋白在不同樣品間的色譜質(zhì)譜響應(yīng)信號便可得到樣品間蛋白表達量的變化,通常用于分析大規(guī)模蛋白鑒定和定量時所產(chǎn)生的質(zhì)譜數(shù)據(jù)。
蛋白質(zhì)組學(xué)在農(nóng)業(yè)生物科研領(lǐng)域的應(yīng)用:蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)在農(nóng)業(yè)生物科研領(lǐng)域的應(yīng)用為作物生長發(fā)育、病蟲害防治、遺傳育種、畜牧獸醫(yī)學(xué)疾病診斷等方面發(fā)揮重要的作用,為現(xiàn)代農(nóng)業(yè)發(fā)展開辟新途徑。蛋白質(zhì)組學(xué)在農(nóng)作物研究中的應(yīng)用:農(nóng)業(yè)是我國人口賴以生存的基礎(chǔ),而提高糧食產(chǎn)量和品質(zhì)則是農(nóng)業(yè)發(fā)展的關(guān)鍵。蛋白質(zhì)組學(xué)關(guān)鍵技術(shù)在作物遺傳育種、品系鑒定、品質(zhì)改良、逆境脅迫應(yīng)答等關(guān)鍵環(huán)節(jié)的應(yīng)用,為農(nóng)業(yè)作物的進一步開發(fā)利用提供巨大的參考價值。蛋白質(zhì)組學(xué)可系統(tǒng)研究農(nóng)作物在特定環(huán)境或某個發(fā)育階段的組織中蛋白質(zhì)的表達變化,有助于作物發(fā)育過程機制的理解。蛋白質(zhì)組學(xué)現(xiàn)已被普遍應(yīng)用于生命科學(xué)研究領(lǐng)域。
蛋白組究竟研究的是什么呢?第1,蛋白質(zhì)定性,或者說大規(guī)模檢測某些蛋白質(zhì)是否存在于樣品當中;第2,蛋白質(zhì)定量,也就是大規(guī)模檢測某些蛋白質(zhì)的含量(包括一定含量與相對含量);第3,蛋白質(zhì)翻譯后修飾,這些修飾主要包括磷酸化,泛素化,糖基化,乙酰化等等,也包括對這些翻譯后修飾的定量研究。這三大塊中所提到的大規(guī)模,既可以是樣品數(shù)量的大規(guī)模高通量,也可以是少量樣本中蛋白數(shù)量的大規(guī)模高通量。研究原因:首先,由于翻譯調(diào)控和翻譯后調(diào)控的存在,RNA的表達量與實際對應(yīng)蛋白質(zhì)的含量相關(guān)性并不高,就簡單地測試了酵母中mRNA和對應(yīng)蛋白質(zhì)的定量相關(guān)性,結(jié)果是,低豐度蛋白與mRNA的相關(guān)性尤其低,而高豐度蛋白和其mRNA的相關(guān)性則高,經(jīng)過平均后r值只為0.4。蛋白質(zhì)組學(xué)對理解細胞生長、分化、代謝、衰老與病變有著重要作用。江蘇定量蛋白組學(xué)
蛋白質(zhì)組研究技術(shù)在研究對象上,覆蓋了原核微生物、真核微生物、植物和動物等范圍。南京定量乙?;鞍踪|(zhì)組學(xué)價格
常規(guī)蛋白質(zhì)組學(xué):Labelfree多肽組學(xué):顧名思義,就是不使用任何標記方法,直接對肽段進行質(zhì)譜鑒定和定性定量分析。實驗流程簡單,只需要對蛋白進行常規(guī)酶解和除鹽步驟即可上機。定量方式分為兩種:峰面積(Peakintensity)和峰計數(shù)(Spectralcount),常用的是峰面積。不過,由于質(zhì)譜采集時只選取topN的母離子進行二級碎裂和MS2檢測,所以會丟失一些豐度較低的肽段信息,缺失值比較多。TMT/iTRAQ標記定量蛋白組學(xué):TMT全稱是TandemMassTag,是經(jīng)典化學(xué)標記試劑,普遍用于差異表達蛋白質(zhì)組分析研究中。該技術(shù)采用6重、10重或16重同位素標簽,與肽段的氨基發(fā)生共價結(jié)合反應(yīng),可實現(xiàn)同時對6個/10個/16個不同樣品中蛋白質(zhì)的定性和定量分析。(目前16標鹿明生物可提供技術(shù)服務(wù))。南京定量乙酰化蛋白質(zhì)組學(xué)價格