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杭州個性化定制靶向代謝組學研究方法

來源: 發(fā)布時間:2022-04-08

代謝組學的研究對象與層次有哪些?一般來說,代謝組學關注的對象是分子量在1000以下的小分子化合物。根據研究的對象和目的不同,科學家將生物體系的代謝產物分析分為4個層次:代謝物靶標分析:某一個或幾個特定組分的定性和定量分析,如某一類結構、性質相關的化合物(氨基酸、有機酸、順二醇類)或者某一代謝途徑的所有中間產物或多條代謝途徑的標志性組分。代謝物指紋分析:同時對多個代謝物進行分析,不分離鑒定具體單一組分。代謝輪廓分析:限定條件下對生物體內特定組織內的代謝產物的快速定性和半定量分析。代謝組分析:對生物體或體內某一特定組織所包含的所有代謝物的定量分析,并研究該代謝物組在外界干預或病理生理條件下的動態(tài)變化規(guī)律。代謝組學關注的對象是分子量在1000以下的小分子化合物。杭州個性化定制靶向代謝組學研究方法

代謝組學疾病診斷應用:與基因組學和蛋白質組學相比,代謝組學的研究側重于相關特定組分的共性,是要涉及研究每一個代謝組分的共性、特性和規(guī)律,目前據此目標相距甚遠。盡管充滿了挑戰(zhàn),研究人員仍然堅信,與基因組學和蛋白質組學相比,代謝組學與生理學的聯(lián)系更加緊密。疾病導致機體病理生理過程變化,引起代謝產物發(fā)生相應的改變,通過對某些代謝產物進行分析,并與正常人的代謝產物比較,尋找疾病的生物標記物,將提供一種較好的疾病診斷方法。杭州個性化定制靶向代謝組學研究方法代謝組學主要技術手段是質譜(MS)。

代謝組學比較常用到的數據分析方法:代謝組學分析數據用于統(tǒng)計分析時,數據集通常為一個N × K的矩陣(X矩陣),N表示N個樣本數,每一行表示一個樣品, K表示K個變量,每一列表示一個變量,在代謝組學中變量通常是指代謝物含量。單變量分析方法只分別分析單個變量,不考慮多個變量的相互作用與內在聯(lián)系。具有簡單性、易應用性和可解釋性。但是無法基于整體數據對所測樣品的優(yōu)劣、差異進行綜合評價和分析。差異倍數變化大小(Fold Change,FC)表示實驗組與對照組的含量比值,可以快速考察各個代謝物在不同組別之間的含量變化大小。

代謝組學什么類型的樣本更適合,樣本采集需要注意什么?絕大多數可以可靠收集的生物樣本都適用于代謝組學研究。常見的樣本主要有:臨床和動物的血清、血漿、尿液、糞便、各類組織、體液;細胞和微生物、培養(yǎng)液和發(fā)酵液;植物的根、莖、葉、花等。代謝每時每刻都在發(fā)生變化,我們需要研究的是某個或多個瞬時狀態(tài),因此樣本采集一般需要保證“快速、一致、簡單”的,采集后通過低溫淬滅(如液氮淬滅或低溫凍存等)的方法阻止離體后的樣本的代謝活動。另外,不同的檢測要求也需要配合不同的收集方法,具體步驟請參照譜領生物樣本收集步驟文件。代謝組學在食品安全領域,利用代謝組學工具發(fā)現農獸藥等在動植物體內的相關生物標志物也是一個熱點領域。

藥物代謝和代謝組學區(qū)別:代謝組學與藥物代謝不同是它關注的對象不是外源性的藥物而是生物體本身就有的內源性代謝物。這些代謝物是糖,脂肪,蛋白質,核酸,膽汁酸等等代謝得到的。還有共生菌代謝的,是一個龐大的混合物。目的是通過樣本的對比,發(fā)現潛在標志物,指導疾病早期診斷甚至基因水平的研究。而藥物代謝的目標是只要只要追蹤到這種藥物分子在體內變化就好,相當具有靶向性,因此使用的技術手段就是LC-MS。檢測藥物的中間體,和具體的藥效,藥代動的效應。LC-MS非靶向代謝組的優(yōu)勢有什么?杭州個性化定制靶向代謝組學研究方法

代謝組學是系統(tǒng)生物學的重要組成部分。杭州個性化定制靶向代謝組學研究方法

LC-MS非靶向代謝組學:LC-MS非靶向代謝組學通過液質聯(lián)用(LC-MS)方法檢測生物體受外界刺激前后體內大多數小分子代謝物的動態(tài)變化,重點尋找在實驗組和對照組中有明顯變化的代謝物,進而研究這些代謝物與生理病理變化的相關關系,其研究對象大都是分子量1500Da以內的小分子物質。LC-MS非靶向代謝組學技術優(yōu)勢:1、較高的靈敏度、分辨率;2、較寬的動態(tài)范圍;3、適合于生物樣本中復雜代謝產物的檢測和潛在標志物的鑒定;4、適合對標本中未知代謝物的探索研究。杭州個性化定制靶向代謝組學研究方法