轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序流程:1、樣品RNA準(zhǔn)備。2、測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建。3、DNA成簇(Cluster)擴(kuò)增。4、高通量測(cè)序(Illumina)。5、數(shù)據(jù)分析。轉(zhuǎn)錄組的分析大致有以下幾種情況:1、同一物種在發(fā)育過(guò)程中的各時(shí)間節(jié)點(diǎn)的基因表達(dá)特點(diǎn)及存在的差異;2、不同品系之間存在的差異表達(dá)基因;3、不同的外界條件處理,如細(xì)菌、病毒、光照、紫外、干旱、高溫、高鹽脅迫,對(duì)基因表達(dá)的影響;4、同一個(gè)體,不同組織之間的基因表達(dá)差異。簡(jiǎn)而言之,轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組學(xué)包括:mRNA、ncRNA、rRNA等。哈爾濱轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析研究
轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Transcriptomics),是一門(mén)在真整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科,從RNA水平研究基因的表達(dá)情況。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是通過(guò)二代測(cè)序平臺(tái)快速全方面地獲得某一物種特定細(xì)胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有的轉(zhuǎn)錄本及基因序列,可以用來(lái)研究基因表達(dá)量、基因功能、結(jié)構(gòu)、可變剪接和預(yù)測(cè)新的轉(zhuǎn)錄本等等。轉(zhuǎn)錄組(transcriptome),是指特定生長(zhǎng)階段某組織或細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合,狹義上指所有mRNA的匯合。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。哈爾濱RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)費(fèi)用轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。
RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢(shì)有:1、可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準(zhǔn)確度;2、靈敏度高,可以檢測(cè)細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本;3、可以對(duì)任意物種進(jìn)行全基因組分析,能夠檢測(cè)未知基因,發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,并準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP,UTR區(qū)域;4、檢測(cè)范圍廣,能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)是需要生物學(xué)重復(fù)的,至少需要兩次生物學(xué)重復(fù),3次以上的生物學(xué)重復(fù)更好。以3個(gè)重復(fù)為例,加上對(duì)照的三個(gè)生物學(xué)重復(fù),一次RNA-seq需要6個(gè)樣本。
宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組的概念:宏轉(zhuǎn)錄組是特定時(shí)期、環(huán)境樣本、組織樣本中所有的微生物的RNA(轉(zhuǎn)錄本)的匯合。通過(guò)對(duì)這些轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行大規(guī)模高通量測(cè)序,可以直接獲得環(huán)境中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的微生物轉(zhuǎn)錄組信息。這種技術(shù)不只具有宏基因組技術(shù)的全部?jī)?yōu)點(diǎn),可以檢測(cè)環(huán)境中的活性微生物、活性轉(zhuǎn)錄本以及活性功能進(jìn)行研究,還可以比較不同環(huán)境下的差異表達(dá)基因和差異功能途徑,揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應(yīng)機(jī)制,探索環(huán)境與微生物之間的互作機(jī)理。普通轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序適用于哪些情況?
什么是轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序?轉(zhuǎn)錄組廣義上指在某一生理?xiàng)l件下,細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合,包括:mRNA、ncRNA、rRNA等;狹義上指所有mRNA的組合。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,主要包括mRNA和ncRNA。轉(zhuǎn)錄組具有時(shí)間特異性、組織特異性、空間特異性等特點(diǎn)。無(wú)參轉(zhuǎn)錄組和有參轉(zhuǎn)錄組的區(qū)別?如果所研究的物種有組裝注釋質(zhì)量較好基因組序列,且和該基因組序列比對(duì)效率較高,那么可以采用有參轉(zhuǎn)錄組的分析策略,直接進(jìn)行分析。反之,則需要按照無(wú)參轉(zhuǎn)錄組的分析策略進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本組裝,構(gòu)建unigene庫(kù),然后進(jìn)行后續(xù)分析。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列。濟(jì)南IncRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析研究
轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序可以同時(shí)測(cè)到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么?哈爾濱轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析研究
轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)(transcriptomics),是一門(mén)在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡(jiǎn)而言之,轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組即一個(gè)活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段。轉(zhuǎn)錄組學(xué)(transcriptomics),是一門(mén)在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡(jiǎn)而言之,轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。哈爾濱轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析研究
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